A frota de navios de investigação do IPMA é gerida pelo Núcleo de Navios de Investigação e Equipamentos Oceanográficos (NNEO), a quem compete:

• Assegurar a gestão, manutenção e operação da frota de navios de investigação do IPMA
• Assegurar a gestão e manutenção dos equipamentos e sistemas oceanográficos de observação marinha utilizados em campanhas e missões científicas
• Garantir a operacionalidade dos meios navais e técnicos, de forma a responder com eficácia às necessidades logísticas e científicas das missões promovidas pelo IPMA
• Planear as operações marítimas, salvaguardando o cumprimento de todas as imposições administrativas com elas relacionadas
• Colaborar com as unidades científicas e técnicas no apoio à preparação e execução das campanhas
• Representar o IPMA, e servir de ponto de contacto junto da rede de operadores de navios de investigação nacional e internacional

Como parte desta missão, o núcleo é responsável pelo Sistema Integrado de Gestão de Equipamentos Oceanográficos (SIGEO), uma ferramenta essencial para a gestão centralizada, eficiente e transparente da frota de equipamentos oceanográficos técnico científicos do IPMA