A frota de navios de investigação do IPMA é gerida pelo Núcleo de Navios de Investigação e Observatórios (NNIO). Compete ao NNIO:
- Assegurar a manutenção e operação dos meios navais do IPMA bem como dos equipamentos e sistemas nestes instalados
- Desenvolver e implementar equipamentos de observação marinha
- Planear as operações marítimas, salvaguardando o cumprimento de todas as imposições administrativas com elas relacionadas
- Planear e desenvolver as ações necessárias à realização de missões e campanhas, bem como assegurar a disponibilização dos meios por elas requeridos